知识为日本防卫大臣出谋划策。空幕最高军事长官为航空幕僚长，也是航空自卫官，级别最高，另设一名航空幕僚副长（副司令员）。
日本空军司令部核心领导仅由航空幕僚长和航空幕僚副长2人构成，其中，航空幕僚长为4星空军上将，航空幕僚副长为3星空军中将。纵观整个日本陆海空三军自卫队，日军所有部队司令部（无一例外）核心领导均由2人构成，一名主官，一名副职，副职要么配副长，要么配幕僚长（参谋长），副长和幕僚长只配一人【注1】。
目前，空幕不仅承担第二次世界大战前由日本参谋本部和军令部承担的军令下达任务，同时，还要与统合幕僚监部和日本防卫省内部部局联合对日本航空自卫队包括预算、人事、总务、编制、编成、采购等一切日常事务进行全面的管理和协调，这意味着空幕与陆幕（陆上幕僚监部）、海幕（海上幕僚监部）一样要同时承担着军令和军政双重职责。对于由日本防卫省内部部局（简称内局）和统幕（统合幕僚监部）掌管的事务，它们一旦落实到空幕范围内，空幕还要对其进行必要的调整，比如内局的防卫政策科、统幕的防卫科、空幕的防卫科之间保持着密切的业务联系，前两者对防卫事务制定了相关政策后，空幕防卫科要站在航空自卫队的角度对这些防卫政策阐述自己的意见和见解，经过彼此不断的协商，达到一致后才能落实。相反，如果航空自卫队有一些专管的事务需要落实，那么首先需要与空幕协商、制定计划然后立案，最后要经由日本防卫省内局进行调整，统幕对一些事务进行调整、统一后落实。鉴于此，空幕的现行内部部局等组织机构与日本防卫省内局和统幕基本相似。
空幕与日本航空自卫队同时创建于1954年7月1日。2006年3月27日，空幕内部组织机构进行了重大改编，调查部改编为运用支援情报部，防卫部运用科改编为运用支援情报部运用支援科，调查部调查科改编为运用支援情报部情报科，技术部技术第1科和技术第2科改编为技术科，总务部法务科改编为首席法务官。
截至2014年，空幕内部组织机构采取“6部3官”运行体制，具体如下：
总务部（部长：2星空军少将），下设总务科和财务科;人事教育部（部长：2星空军少将），下设人事计划科、任免科、福利科、援护业务科和教育科;防卫部（部长：2星空军少将），下设防卫科、装备体系科、情报通信科和设施科;运用支援情报部（部长：2星空军少将），下设运用支援科和情报科;装备部（部长：2星空军少将），下设装备科、补给科和维修科;技术部（部长：2星空军少将），下设技术科。航空幕僚监部直属设一名监察官（2星空军少将），一名首席法务官（空军上校）和一名首席卫生官（2星空军少将）。航空幕僚长（日本空军司令员）
航空幕僚长是航空幕僚监部最高长官、航空自卫官中的1号人物，级别最高，接受日本防卫大臣的指挥和领导，他主要承担航空自卫队任务及队员的服务监督职责，他是日本防卫大臣最高级别的空军参谋人员。航空幕僚长军衔设置为4星空军上将，它是日本航空自卫队数万队员中唯一的4星上将，但不是日本防卫省中的唯一4星上将，统合幕僚长（联合参谋长）的军衔可能也是4星空军上将，有时航空幕僚长卸任后可能担任统合幕僚长一职。
现任航空幕僚长为2013年8月22日任职的齐藤治和4星上将，其前职为日本航空自卫队航空总队司令官【注2】。
日本航空幕僚长的最长任职不到3年，短的只有几个月，2年任期的航空幕僚长占大多数，这样短的任职时间可以有效防止腐败案的发生。纵观整个日本陆海空三军自卫队，所有部队军官首长的任职情况都是如此，这应该是受《自卫队法》的规定和限制【注3】。
同时还有一个特点，自第20任航空幕僚长之后，日本的航空幕僚长全是日本防卫大学毕业生，这与日本陆上自卫队和日本海上自卫队基本相同。另外，升任日本航空幕僚长机会最大的3星空军中将指挥官是航空总队司令官，这个职位是日本空军作战部队的最高军事指挥官。航空幕僚副长（日本空军副司令员）
航空幕僚副长是航空幕僚监部的第2号长官，相当于欧美国家军队的空军副司令员，其军衔设置为3星空军中将，为航空幕僚长的副手。现任航空幕僚副长为2013年8月22日任职的福江广明3星上将。
日本防卫省及三军司令部驻地
日本防卫省市谷地区军事基地位于东京都新宿区市谷本村町5单元11号，为日本防卫省重要的国防基础设施之一，日本陆上自卫队将其称为市谷驻屯地，日本航空自卫队将其称为市谷基地，日本海上自卫队将其称为市谷地区，而日本防卫省则将其统称为市谷地区军事基地。
目前，市谷地区军事基地是日本国家防御的指挥中枢，这座军事基地内不仅驻有日本防卫省的省内各个部局，同时还驻有统合幕僚监部（联合司令部、参谋长联席会议）、陆上幕僚监部（日本陆军司令部）、海上幕僚监部（日本海军司令部）和航空幕僚监部。
市谷驻屯地司令由日本陆上自卫队中央业务支援队长兼任，市谷基地司令由日本航空自卫队中央业务队司令兼任。为了增强日本国民的国防意识，日本防卫省允许市谷地区军事基地面向日本普通民众开放，因此，一般的日本人都可以到市谷军事重地内参观，但核心的军事基础设施不会开放。