长江流域横跨中国19个省级行政区、三个地理阶梯。在这辽阔的地域上，民众建造祠堂总的原则是依山傍水，讲究风水，但具体到某个地区，也会因地制宜，有些微调与变动。下面以云贵巴蜀、湘鄂赣皖等地为例，探讨不同地区的祠堂布局，以及一些主要的差异。
云贵巴蜀：顺从山势
西南地区的祠堂一向是尊重地形地貌。
从现存的祠堂建筑群来看，有的祠堂与祠堂之间连成一体，但又不失个体特征。有的顺从山势起伏，前后建筑高差几十米，建筑便有了爬坡退台式之特征，并由此共同构成纵深叠进的院落空间。尽管受地形的制约，但祠堂大多布局紧凑，呈现一气呵成的整体气势和丰富多彩的建筑景观。尤其是戏楼尺度精巧，院坝小巧玲珑，戏楼与看厅之间的距离很近，适宜于观众与演员的互动。
云贵巴蜀的祠堂大多是单体造型，但屋顶并非千篇一律，有悬山式、硬山式、卷棚式、歇山式等样式，其造型异彩纷呈。其建筑风格上，一方面兼容周边的建筑文化特征，一方面又贯通本土的山地文化特色。如祠堂的围墙，江南一带多低矮、有洞窗，虚实相间；而云贵巴蜀却高、实、封闭，体现了独立的文化内涵。
精致的雕刻装饰是西南地区祠堂的又一特色。其木雕、石雕均有深浮雕、透空镂雕，浅浮雕等，透出雅典、精巧的艺术品位。雕刻的作品或脊饰，或山花，或窗花，并不是同一题材，大者如儒家伦理、历史传奇，小者如一花一草、一人一物，皆有表现，而且贯穿着一个主题——吉祥。
例如张飞庙。张飞是三国时期蜀汉的重要将领，在四川一带出土的文物显示，张飞是个神采飞扬的美男子。然而，在中国小说与戏剧作品中，张飞却以勇猛、鲁莽、疾恶如仇而著称。张飞被部将范疆、张达暗害后，当地居民先在飞凤山麓建了一座张飞庙。蜀汉末期，云阳又建筑了一座张飞庙，后经历代修葺扩建，距今已有1700多年的历史。每年农历八月二十八日，也就是张飞生辰那天，各地民众在山道上爬行，目的就是到张飞庙举行祭祀民俗活动。
同样，张飞庙也充分利用地形地貌，依山坐岩临江，相互衬托。庙内望云轩、结义楼、书画廊、正殿、杜鹃亭、助风阁、听涛亭等古建筑，布局严谨，层叠错落，独具一格。张飞庙还收藏汉唐以来的石刻、木刻、字画六百余件，以及新石器时期以来的其他文物一千多件。尤其是字画碑刻，流派纷呈，多出于名家圣手，如汉代《张表碑》、梁时《天临碑》，宋代黄庭坚《幽兰赋》、苏轼《前后赤壁赋》、岳飞《前后出师表》等，早有“张祠金石，甲于蜀东”之说，又有“文藻胜地”之盛誉。
举世瞩目的三峡工程开建，身在库区的张飞庙因充裕的历史价值，不可以淹没在浩浩的江水之中；又因张飞永不消逝的社会声誉，不可以淹没在百姓景仰的泪水之中。于是，国家投资四千万元，张飞庙由云阳老县城对岸的飞凤山，溯江而上，向西迁移了32公里，整体搬迁至盘石镇龙安村。2003年7月19日，原貌原样的新张飞庙正式开馆。迁建后，张飞庙也是充分利用了三峡库区地形的高差变化，依山取势，坐岩临江，形成“品”字结构。而且，它基本上汇集了历代建筑的精华。
湘鄂赣皖：靠山近水
湘鄂赣皖地区的祠堂最典型的布局就是靠山近水了。
明代万历四十二年（1614年），一座占地面积近2400平方米的胡氏宗祠奠基在江西省玉山县官溪镇。它坐西北朝东南，依山傍水，丛林环抱，有“江南第一祠”之称。胡氏祠堂按“千长古月”造型设计，三进二厅，平面呈矩形，是一座“缩小的皇宫”。
胡氏宗祠外形就如一条龙，左右各有一口井，为龙的双眼。主体建筑为廊式开间，中为门楼，三重飞檐，雕刻精致，斗拱叠饰，为宗祠建筑中所罕见。前中后三重以纵轴线次第排开，整体布局井然有序。内分戏台、中堂、寝庙，两厢为厢房酒楼。外设照墙、水池。前架为十开间平屋，正中大门盖有两重歇山式门罩，典雅大方，气势不凡。
胡氏宗祠正前方是清水潺潺、源源不断的溪流，另配有一池月塘，寓“千长古月”之意。牌楼上“飨保万龄”四个大字，表达着先祖对后代的美好祝福。正门刻着古朴遒劲的楹联：“月开十口成千古，水别三溪共一源。”“月开十口”即“胡”字，“三溪”指的是官溪、桃溪和梅溪。
看戏是古代人的文娱活动，戏台是一个宗族的脸面。胡氏宗祠大门内，就是一座戏台，二重三叠顶，檐角弯翘，形同楼阁。正台高8米多，宽9米，进深7米，台面离地2米。人物图画布满台上梁、柱，连撑腿也不例外。两边设有副台。后台较前台高1.4米，其深近4米，宽13.3米。说它是“江南第一台”一点也不夸张。
戏台左右为“报功”“泽德”两栋廊房，巍峨高耸。台前与中堂间有一大天井，平坦规整，中堂为祠庙享厅，通体高大，梁粗柱壮，一人难以合抱。檐枋上铺以斗拱装饰，为抬梁和穿斗式相结合的建筑手法，别具风格。明末至民国，多有名班在这里演出。
江西还有一座名祠在龙溪，叫祝氏宗祠。
祝氏宗祠建筑在山腰间，占地近2600平方米，一条龙溪从赣、浙、闽三省交界处流过来，属典型的坐山面水之作。其建筑为山字形重檐歇山顶，抬梁和穿斗式混合结构，分前厅、中堂、后厅三进，内置厅堂、厢房、膳堂、戏台、跑马楼及马厩等。前堂有宽敞的前院，院两侧厢房为二层观戏楼。中堂和后堂均面阔五间，左名“崇德厅”，右日“报功厅”，分别褒彰祀奉祝氏的“乡贤”和“名宦”。祝氏宗祠院落外还建有两座地标式的建筑，一是文昌阁，二是观音阁。于是，龙溪古村落就显得更加钟灵毓秀了。
江西上饶县应家乡安坑村，有一条长长的溪水贯穿村庄，两侧翠绿青山相对。在这如诗如画的环境里，两座龚氏宗祠并峙古今。据《龚氏宗谱》载：“龚氏十二世祖思信公，于明成化二年（1466年）任满返梓，首议创建宗祠，工成……爰镌前后浣纱记石雕两块于祠内，以寓祖志云。”这两幅名为“浣纱记”的大型明代青石浮雕，有44组画面，240多个人物，时间跨度从吴越攻伐到范蠡与西施互订婚约再到这对恋人隐入江湖为止。自1466年雕刻至今，500多年过去了，线条依然流畅自然，人物神形兼备，显示了明代艺人卓越的雕刻工艺。
湘鄂赣皖的祠堂依山傍水，其建筑风格分廊院式与天井式两种，前者最具代表意义。
一般来说，廊院式为大型支祠，或宗祠。其特点是规模大，独立性大，多为四合院式，由高墙封闭，甚或横向还会有跨院。而且，大都建在村口或村庄的中心，民房不可贴近，山墙梯级跃落。这样，就与村民的生活空间保持了一定的距离，肃穆、威严，又显示出了富庶的气派。可见，这种祠堂是非凡宗族的象征。
另一特点是，空间层次较为丰富，有仪门、享堂、寝堂三进。第一进是仪门，正门楼多是重檐歇山式，有四柱三间二楼，或六柱五间三楼，有的门楼门罩附在正墙之上。仪门外有照壁、台阶，甚或还有广场。第二进多为正方形天井，天井左右各有数间石柱木梁架构的单檐廊庑。再过天井甬道便到了正厅，一般占祠堂总面积的三分之一，多用抬梁式、穿斗式架构，上架硕大的月梁、象鼻梁等。屋柱是支撑力的作用点，要承载千秋的重荷，就不可节俭了，至少为十四根。为防雨水，屋檐下用石柱；又为防虫蛀，内柱为银杏木。柱下皆有木质或石质的柱础。这一切不止是从建筑力学的角度考虑，更多的是从祭祖的伟业上做出的精益求精。因为，祭奠仪式都在正厅举行，不得发生任何闪失。第三进就是寝堂了，这是安奉祖先灵牌的神殿，两层楼房，重檐建筑，占地面积约为全祠总面积的五分之一。地基较正厅高，高台通常置石雕栏杆，下有狭长天井与中进相通，上设轩敞楼厅。
天井式祠堂为支祠，或家祠，大都是对民宅赋予了新的内涵后演变而来。这里的民宅多为“四水归堂”制，也就是大门在中轴线上，正中为大厅，后面院内有二层楼房，四合房围成一个天井，四面屋顶的雨水从瓦沟里降落于天井，一点不流失。然而，民宅规模小，祠堂空间大；民宅天井小，祠堂天井大，于是，就要对民宅进行改造，或扩容。明代弘治八年（1495年），安徽黄山潜口汪氏大夫祠开建，“于届第之右，洁地一方，构堂三间，翼以两庑，前为之门，而垣周之，以奉大夫祀”。于是，明代留下了一座天井式祠堂的代表汪氏大夫祠。
吴越之地：傍依水网
吴越沪渎之地，也有山，但水网密织。自然，这里的祠堂也就傍依水网了。
祭始祖或始迁祖的总祠，浙西人称为宗祠，或大宗祠，浙西祠堂也有随宗族的扩大而设支祠的。某一房族势力趋大时，又会另建祭祖的地方，命名为堂，如崇仁堂、有序堂等，特指祠堂，而不是家宅名。
浙西人也很讲究风水，其祠堂大都临水而居，有的还人工挖掘水塘，呈半月形。浙西百姓祠堂根据特定“风水”来调整，如荣寿堂为坐西朝东，光显堂为坐东朝西。
浙西祠堂大部分为合院式，又多为石库门，并有少量砖线脚，或门罩，以作装饰。遵守旧制，兰溪黄店镇的世德堂就是三进二天井合院式。该祠堂门厅前设有水池，中间辟一条通道前往大门，旗杆石置于池中央，说是风水萦绕。照壁大都设于广场前方，迎面为牌楼，三间四柱五楼式，隐砌于门厅山墙，且带砖雕。又，二柱落地，柱脚饰精美的砖雕图案。屋面最高处居中，渐向两边低去，歇山顶。额枋在趋吉心理的鞭策下，以高浮雕的艺术手法表现双龙戏珠。下设石库门，门前两边各放一尊抱鼓石。
也有大门半敞式，即门厅明间设屏门，或板门，以便出入。八字墙门式，次间是封闭的。这种祠堂大多为三开间门厅，牌楼式大门，木构，从明间檐柱升起，通过斗拱、牛腿承挑，高出门厅屋面，形成独特的重檐歇山的牌楼。
浙西有种约定俗成的规程，就是民间祠堂面宽不可多于三间。明次间的分布讲究对称，无论纵深多少，主体建筑的前后分布都不会偏离同一条轴线，且前后各部分都不会独立，由厢房或连廊连为一体。总祠占地面积一般在六七百平方米，构成包括前厅、享堂、寝堂、厢房和天井。
与别的地方不同的是，这里的百姓除了硬山式的厅堂之外，还有一种很特殊的式样，即正厅的中庭独立三开间，周围设有回廊，或全敞，歇山顶；或四围，设隔断门窗。如兰溪游埠镇西姜大宗祠，虽饱经沧桑，但其正厅面目可见，为三开间，设周围廊。凌空，歇山顶，平面近似正方形，开敞式，前廊设卷棚，出檐深远舒展，翼角起翘优美。整座建筑没有彩绘油饰，甚至没上漆，纯粹的原汁原味木构形态。
祠堂的核心是享堂，也就是正厅。因是祭祖的地方，古人在用材、规格、装饰上格外用心。正厅与门厅可以组合一个院落，一般不设门窗，为敞厅。正厅前辟一天井，与正厅连成一片，两者相得益彰，使院落更加敞亮。坐在院落，可以看到太阳一天的运行轨迹。每年节祭之际，族人便把始祖或重要祖先的神位，请至享堂，隆重祭拜。
寝堂在祠堂后面，或单层，或楼屋，或开敞式，或开窗式，均设神位分置的专用空间，通常的原则为左昭右穆，明间正中放置本派始祖，向两侧放置历代祖先，权高位重的祖先神位摆在最显眼的地方。其神龛大多制作精细，甚或整石贴面，上雕纹饰；其龛盒木作细雕，或漆，或金彩绘。
浙西祠堂越是古老，相对越是简朴；越往后走，刻意修饰的成分便越多。当然，修饰多用在表面上、明处，为人一眼可见的地方，而人眼看不到的地方就省去了修饰这个环节。这是古人的一种很现实也很虚荣的表现。