思想，并曾影响了朝鲜、日本、越南等许多国家。为表达对孔子的尊崇和对儒学的推重，历史上曾有12位皇帝亲临曲阜致祭，并将孔门弟子和历代儒学大师172人配祀孔庙。
曲阜孔庙，南北长约1000多米，东西宽150多米，占地14万平方米，南北长0.7公里，整个孔庙的建筑群以中轴线贯穿，左右对称，布局严谨，共有九进院落，前有棂星门、圣时门、弘道门、大中门、同文门、奎文阁、十三御碑亭，从大圣门起，建筑分成三路：中路为大成门、杏坛、大成殿、寝殿、圣迹殿及两庑，分别是祭祀孔子以及先儒、先贤的场所；东路为崇圣门、诗礼堂、故井、鲁壁、崇圣词、家庙等，多是祭祀孔子上五代祖先的地方；西路为启圣门、金丝堂、启圣王殿、寝殿等建筑，是祭祀孔子父母的地方。全庙共有五殿、一祠、一阁、一坛、两堂、十七碑亭、五十三门坊，共计有殿庑四百六十六间，分别建于金、元、明、清及民国时期。孔庙内最为著名的建筑有：棂星门、二门、奎文阁、杏坛、大成殿、寝殿、圣迹堂、诗礼堂等。
曲阜孔庙以其规模之宏大、气魄之雄伟、年代之久远、保存之完整，被建筑学家梁思成称为世界建筑史上的“孤例”，现为世界文化遗产、中华人民共和国全国重点文物保护单位，与北京故宫、承德避暑山庄并列为中国三大古建筑群。
曲阜孔庙的历史可以追溯到孔子逝世的第二年，即周敬王四十二年（鲁哀公十七年，公元前478年）。根据《史记》的记载，当时孔子的弟子将其“故所居堂”立庙祭祀，庙屋三间，内藏衣、冠、琴、车、书等孔子遗物。至汉初，已历二百余年。
汉高祖十二年（公元前195年）十一月，高祖刘邦自淮南还京，经过阙里，以太牢祭祀孔子。开皇帝亲祭孔子之先。汉平帝元始元年（公元1年），平帝追谥孔子为“褒成宣尼公”。自此，孔庙愈受重视。东汉建武五年（公元29年），光武帝过阙里，命祭孔子。明帝、章帝、安帝均曾到曲阜祭祀。永兴元年（公元153年），桓帝下诏重修孔庙，任命孔和为守庙官，并立碑以记。有汉一代，庙宇虽经多次整修，但仍以宅为庙。东汉末年，天下大乱，“百祀堕坏”，孔庙颓败。
魏晋南北朝时期，社会动荡，虽然玄学兴起，佛教盛行，孔子的尊崇地位却未受到太大影响。魏文帝“令鲁郡修起旧庙”，并安置吏卒百户守卫；又在庙外广修屋宇，以居学者。西晋末造，“五胡乱华”，“庙貌荒残”。东魏孝静帝兴和元年（公元539年），大力维修孔庙，首次为孔子及弟子塑像。此后，北齐天保元年（公元550年）和梁太平二年（公元557年）孔庙均得到修葺，但于庙宇形制无改。
隋唐以后，朝廷提倡儒学，孔庙面貌随之改观。隋大业七年（公元611年）曲阜县令陈叔毅重修孔庙。唐初，朝廷在国都长安的国子监修建周公庙和孔子庙各一座，且令各州县皆立孔庙。贞观十一年（公元637年），太宗诏修曲阜孔庙。乾封元年（公元666年），因旧庙简陋，高宗令兖州都督霍王李元轨“改制神宇”，对孔庙进行史上第一次大规模改建。开元七年（公元719年），兖州刺史韦元圭和孔子三十五代孙、褒圣侯孔璲之等又“树缭垣以设防”。大历八年（公元773年）兖州刺史孟休鉴、曲阜县令裴有象新建庙门。咸通十年（公元869年），孔子三十九代孙、鲁国公、天平军节度使孔温裕奏请朝廷，献私俸修葺庙宇。唐代的孔庙已初具规模，对庙宇的修葺共有五次。
北宋朝廷崇儒重道，太祖立国之初，即至曲阜拜祭，下诏增修庙宇，建隆三年（公元962年），又诏祭孔庙，用一品礼，庙门列十六戟。大中祥符元年（公元1008年），真宗过曲阜拜孔庙，加谥孔子为“玄圣文宣王”；次年又“颁孔庙桓圭一，加冕九旒，服九章，从上公制”；四年，诏令各州皆建孔庙；五年，改谥孔子为“至圣文宣王”。徽宗崇宁四年（公元1105年），颁孔子像“冠服制度用王者，冕十二旒，衮服九章”。宋代对曲阜孔庙增修达七次。建隆元年（公元960年），诏增修祠宇。太平兴国八年（公元983年），太宗“乃鼎新规，革旧制”，对孔庙进行修缮。新成的孔庙，“缭垣云矗，飞檐翼张”，重门洞开，层阙特起，“回廊复殿，一变维新”。天禧二年（公元1018年），孔子四十五代孙、大理寺丞孔道辅奏言：“祖庙卑陋不称，请加修崇”，朝廷奏准并遣之以官钱监修孔庙。五年（公元1021年），孔道辅“又请得封禅行殿余材”，扩大孔庙旧制。经过扩建的庙宇，前后四进院落，东、中、西三路并行，今之格局初步奠定。景祐四年（公元1037年）修建讲学堂。次年，孔道辅又于正殿之西建五贤堂。嘉祐六年（公元1061年），仁宗颁御书金字篆书“宣圣庙”和飞帛书“大成殿”匾额。此后的元丰、绍圣、政和年间亦曾重修孔庙。元祐元年（公元1086年），又添建庙学于孔庙东南隅。
此后不久，金兵南侵，“庙宇与书籍俱为灰烬”。但金国上层有远见者深知，欲立足中原，必须依靠儒家思想。天会五年（公元1127年），金将完颜宗尧进驻燕京后，戎马未息即建太学，修国子监。天会七年（公元1129年），金兵入曲阜，命知县“引诣圣庙”，“登杏坛，望殿火奠拜”。金国统一北方后，进一步认识到崇儒之重要性。皇统元年（公元1141年），熙宗拜祭上京孔子庙。次年敕行台拨钱一万四千贯，修孔庙圣殿；四年，又命“行省降钱一万四千五百贯，发南京入作司见材，修完孔庙，创盖大成殿”。至皇统九年，大成殿竣工。正隆二年（公元1157年），又以羡钱修两庑及齐国公殿。此次维修，规模不大，被毁建筑尚未得到完全复建。大定十九年（公元1179年），衍圣公等又组织重建郓国夫人殿。明昌二年（公元1191年），崇尚儒学的金章宗拨钱76400多缗，大修孔庙。此次大修，“三分其役，因旧以完葺者才居其一，而增创者倍之”，至明昌五年（公元1194年）方告竣。孔庙扩展到“殿堂廊庑门亭斋厨黉舍合三百六十余楹”的前所未有的规模。金代的孔庙，基本保持了宋代格局，而部分建筑规模扩大，新建大中门、棂星门，且始用琉璃瓦，殿庑均以绿琉璃瓦剪边，青绿彩画，朱漆栏槛，檐柱亦改为石质，并刻龙为饰，使孔庙规格大大提高。有金一代，孔庙总共重修四次。
元、明两代，孔庙重修重建更达数十次之多。其中最重要的一次是明孝宗弘治十二年（公元1499年）。当时孔庙遭到雷击，大成殿等120余楹建筑化为灰烬。此次重修，总共历时五年，耗银15万两。
清代对孔庙的修建达14次。清世宗雍正二年（公元1724年），孔庙又毁于雷电火。“发帑金令大臣等督工监修，凡殿庑制度规模以及祭器仪物，皆令绘图呈览，亲为指授”，调集12个府、州、县令督修，总共用时六年方才完成。
据统计，千百年来，孔庙总共经历大修15次，中修31次，小修数百次，终于达到今日九进庭院的宏大规模。
庙内存有汉以来历代碑刻1000余块，碑刻中有汉碑和汉代刻字二十余块，是中国保存汉代碑刻最多的地方。碑刻有封建皇帝追谥、加封、祭祀孔子和修建孔庙的记录，也有帝王将相、文人学士谒庙的诗文题记，文字有汉文、蒙文、八思巴文、满文，书体有真草隶篆。孔庙碑刻是研究封建社会政治、经济、文化和艺术的珍贵史料，也是中国古代书法艺术的宝库。 孔庙所藏汉画像石、明刻圣迹图和明清雕龙石柱驰名中外。汉画像石有90余块，题材丰富广泛，既有人们社会生活的记录，也有历史故事、神话传说的反映。圣迹图为明万历二十年（公元1592年）据孔庙宋金木刻增补而成，由曲阜儒学生员毛凤翼汇校、扬州杨芝作画、苏州石工章草上石，共120幅，形象地反映了孔子一生的行迹。在大成殿四周廊下环立着28根雕龙石柱，均以整石刻成。柱高5.98米，直径0.81米，立于石雕重层宝装覆莲花柱础上。大成殿前檐的10根龙柱为深浮，雕二龙戏珠。殿两侧及后檐的18根为八棱水磨浅雕石柱，以云龙为饰，每面浅刻9条团龙，每柱72条，这是世界上独有的石雕艺术瑰宝。
孔府位于曲阜城内，孔庙东侧是孔子嫡长子孙的府第，即衍圣公府。与孔庙、孔林合称三孔，1377年始建，1503年重修拓广，1838年扩修，并于1994年12月列入《世界遗产名录》。
孔府明代占地16公顷，清代逐渐缩小，占地约4.5公顷。其布局分为中、东、西三路。中路有十一进庭院，内宅门以前为衍圣公视事衙署，后面为生活院落。东路为家庙、慕恩堂等祠庙和接待朝廷钦差大臣的九如堂、御书堂等建筑；厨房、酒坊等服务用房也在东路。西路有衍圣公读书和学诗习礼的红萼轩、忠恕堂，以及接待一般宾客的南北花厅等。
孔府位于曲阜城的中心，坐北朝南，迎面是一个粉白的大照壁，门前左右两侧，有一对2米多高的圆雕雌雄石狮。红边黑漆的大门上镶嵌着狻猊铺首，大门正中上方的高悬着蓝底金字的“圣府”匾额，相传为明相严嵩手书。门两旁明柱上，悬挂着一副对联：与国咸休安富尊荣公府第，同天并老文章道德圣人家。这副对联相传是清人纪均的手书。文佳字美，形象地说明了孔府在封建社会中的显赫地位。这副对联口气之大自不待言，发人深思的是上联“安富尊荣”的“富”字，下联“文章道德”的“章”字，“富”字上少了一点，“章”字中多了一笔，意思是说衍圣公官职位列一品，田地万亩千顷，自然富贵没了顶；孔子及其学说“德侔天地、道冠古今”，圣人之家的“礼乐法度”，也就能天地并存，日月同光。
在孔府中路前部，共设三堂六厅。正厅（大堂）为五间九檩悬山建筑，前设大月台，中部三间为前檐空敞的传统大堂形制。正厅前有东西庑各10余间，按明代六科设六厅，东庑设知印、典籍、管勾三厅；西庑为掌书、司乐、百户三厅。后厅（二堂）五间七檩，有穿堂与正厅相连，呈“工”字形。退厅（三堂）也作五间七檩，与东、西厢组成庭院。孔府三厅两庑主体为“工”字殿出月台的建筑布置，是明清两代衙署的典型格局。中路前院的东南隅还有刑狱设施。内宅门以东有防御用的碉堡。
在中路退厅以后，共有前上房、前堂楼、后堂楼三个封闭式庭院。前上房为七间七檩悬山式建筑，并有东、西厢房各五间，是衍圣公生活起居的主要院落。前、后堂楼都是七间二层，前出廊，东、西配楼各三间。后花园名为“铁山园”。后堂设楼也是明清府邸的典型布局，楼下为内眷卧室、起居室，楼上为贮藏财物的库房。孔府东、西还有东仓、西仓、车栏、马号、柴园等；孔府南、北还有族人及仆役家属居住区。
按封建礼制，孔府的规模之大已超过公府的定制，中、东、西三路房屋已将政务、祭祀、读书、宴客、 生活、供应包罗俱全，布局俨然是小型宫殿。孔府在大门、二门、仪门、正厅等处明间阑额上绘有宫廷“双龙捧珠”的和玺彩画，反映出它是拥有皇家特权的贵族府第。
孔林位于曲阜城北，是孔子及其家族的专用墓地，也是目前世界上延时最久，面积最大的氏族墓地。孔子死后，弟子们把他葬于鲁城北泗水之上，那时还是“墓而不坟”（无高土隆起）。到了秦汉时期，虽将坟高筑，但仍只有少量的墓地和几家守林人，后来随着孔子地位的日益提高，孔林的规模越来越大。东汉桓帝永寿三年（公元157年），鲁相韩勅修孔墓，在墓前造神门一间，在东南又造斋宿一间，以吴初等若干户供孔墓洒扫，当时的孔林“地不过一顷”。到南北朝高齐时，才植树600株。宋代宣和年间，又在孔子墓前修造石仪。
从子贡为孔子庐墓植树起，孔林内古树已达万余株。自汉代以后，历代统治者对孔林重修、增修过13次，以至扩成现在规模，总面积约2平方公里，周围林墙5.6公里，墙高3米多，厚1米。孔林中墓冢累累，碑碣林立，石蚁成群，除孔子、孔鲤、孔及这祖孙三代墓葬和建筑外，还有孔令贻、孔毓垢、孔闻韶、孔尚任墓等。这里的墓碑除去一批著名的汉代石碑被移入孔庙之外，尚存有李东阳、严嵩、翁方纲、何绍基、康有为等历代大书法家的亲笔题碑，故而孔林又有碑林的美名，堪称书法艺术的宝库。
孔林中神道长达1000米，苍桧翠柏，夹道侍立，龙干虬枝，多为宋、元时代所植。林道尽头为“至圣林”木构牌坊，这是孔林的大门。孔子墓前东侧有三亭，是宋真宗、清圣祖和清高宗来此祭孔时停留之处，叫作“驻跸亭”。墓南二百米处的亭殿后，有子贡亲手栽植的楷树遗迹和“子贡庐墓处”。
郭沫若曾说：“这是一个很好的自然博物馆，也是孔氏家族的一部编年史”。孔林对于研究中国历代政治、经济、文化的发展以及丧葬风俗的演变也有着不可替代的作用。