模板，以碱基顺序随机排列的寡聚核苷酸（8～10个碱基）作为引物，通过PCR扩增，产生不连续的DNA产物，从而进行多态性分析[59]。RAPD虽然具有DNA样品数量少，操作技术简单，检测简便且速度快，灵敏度高，特异性强等特点，但RAPD的重复性较差，且表现为显性遗传，存在共迁移问题[57]。
施苏华等[60]运用RAPD分子标记技术对11种金花茶物种进行了分析，表明小花金花茶、扶绥金花茶和中东金花茶之间的亲缘关系较近；大样金花茶、薄叶金花茶和夏石金花茶之间的关系较近，龙州金花茶、毛籽金花茶、陇瑞金花茶和弄岗金花茶之间的关系亦较近；而凹脉金花茶为单独种，与其他金花茶种亲缘关系相对较远。宾晓芸等[54]运用RAPD分子标记对6个金花茶自然居群的遗传多样性研究，较AFLP、ISSR分子标记技术研究结果的遗传多样性指数略高，均能揭示了这6种金花茶的遗传多样性水平较高。
2.4.4SSR。
SSR分子标记（Simple Sequence Repeats，简单序列重复）亦称微卫星DNA，是一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术。通过直接检测显示不同基因型个体在SSR位点的多态性来分析和鉴别生物体内在核苷酸的排布和其表型显现的规律，从而达到分析其遗传多样性的目的[57]。
唐健民[61]运用SSR分子标记对4个东兴金花茶野生居群进行遗传多样性研究，表明东兴金花茶的遗传多样性较高，遗传分化主要存在于居群内部，且子代野生居群的多样性参数高于母代居群。徐晶等[62]运用SSR技术进行了6个以金花茶为母本，七星白、茶梅品种为父本的所有可能杂交种的鉴定，结果显示除H2外所有可能的杂交种均来自于相应父母本的真杂种，与母本是否来自于不同的金花茶个体关系不大。
2.4.5ITS。
ITS（Internal Transcribed Spacer，核糖rRNA内转录间隔区）指在rDNA基因中，由18S区、ITS1区、5.8S区、ITS2区和28S区头尾串联构成的重复序列。ITS序列基因片段具有极大的保守性，亦能表现出极为广泛的序列多态性，因此能实质地反映出属间和种间的碱基对微小的差异，目前已被广泛应用于菌类分类鉴定、植物种质资源鉴定以及亲缘关系非常近的物种或种群分类鉴定等方面[61]。
唐绍清等[57]运用ITS区序列对分布于我国的22个金花茶组物种进行测定，结果显示淡黄金花茶、毛籽金花茶、陇瑞金花茶、弄岗金花茶、大样金花茶和凹脉金花茶的亲缘关系很近，小瓣金花茶、小花金花茶、薄叶金花茶、多瓣金花茶、夏石金花茶和龙州金花茶的亲缘关系也较近。
3展望
目前，在国内从形态学、细胞学、生化水平以及DNA分子水平上均涉及了对金花茶遗传多样性的研究，揭示了金花茶具有丰富的遗传多样性，为今后金花茶种质资源的基因改良、育种选优、迁地保护、开发及利用等方面的研究提供重要的理论依据。但在金花茶的遗传多样性研究中仍存在一些不足：①虽然对金花茶遗传多样性已进行相关研究，但研究的范围并不够全面，在表型、染色体、蛋白质、同工酶方面的研究极少；②在DNA分子水平上对金花茶遗传多样性的研究多采用AFLP、ISSR、RAPD、RFLP、SSR这几个分子标记技术，具有一定的局限性，且大多数是采用一种分子标记技术对金花茶遗传多样性的研究，对研究结果而言，具有片面性、不稳定性；③目前采用常规的方法和分子生物学技术方法相结合对金花茶种质资源的遗传多样性研究仍处于空白。因此，为更全面地利用、开发和保护金花茶资源，建议在今后金花茶的遗传多样性研究中应加强以上几个方面的研究。
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