网络科学是专门研究复杂网络的定性和定量规律及其应用的一门新兴交叉科学。方锦清研究员是我国网络科学研究最早的推动者、组织者和研究者之一。多年来，他为我国网络科学知识传播、学术交流做出了重大的贡献。今年他与中国传媒大学共同组织了“2012中国网络科学论坛”，在我国网络科学领域创下四个“第一”，即论坛规模第一，论坛主题第一，媒体关注第一，坚持“四性”第一（即融合学术性、趣味性、应用性、科普性与一体）。大有“一石激起千重浪”之势，在国内掀起了一股网络热。
方锦清在清华大学渡过了6年的学习生活，在半个世纪的科学征途中，清华精神一直激励着他。母校不仅给了他相当广博的知识和理论功底，还赋予他毕生的求知欲望。
在国际上，复杂网络的突破性进展激起了国内外的研究热潮。21世纪初，方锦清抓住机遇，负责主持了国家自然科学基金第一个网络科学研究的重点项目，由中国原子能科学研究院、上海交通大学和北京师范大学组成“一院两校”联合组，在合作研究中取得了一批突出成果，分别出版了3本网络科学著作，发表了被SCI收录的论文近200篇，被国家基金委评为“特优”的重点项目，获得了2010年北京市科技进步奖，并且引领一批年轻人才迅速成长。
2009年美国出版的一本专著《网络科学——理论与应用》作者，邀请方锦清撰写了专家书评“Book Review： Network Science-Theory and Application”，其内容发表在《美国信息科学与技术杂志》上，这充分反映了他为首的研究团队在网络科学领域的创新成果得到了国内外同行的肯定和赞扬，在国际上产生了广泛而深刻的影响。
迄今，他在国内外已出版了多本科学专著或合著。2010年，他与毕桥发表的最新合著《网络科学与统计物理方法》（北京大学出版社，2011），突出了两大主题——网络科学与统计物理，具有交叉性、前瞻性、导引性和应用性，为我国研究生和交叉学者提供了一本高水平专著，深受欢迎。
方锦清在非线性科学、混沌控制理论研究上也取得了诸多成果。1995年，他在《科学通报》上首次提出了超混沌的控制与同步的控制方法，并在控制束晕-混沌等领域处于领先地位。为此，方锦清被学术界誉为“我国束晕-混沌研究第一人”。上世纪90年代初，在 “一些混沌系统的复杂性与分解法的数学机械化及其在非线性系统中的应用”的重要课题研究中，他们的研究成果获得了2000年国防科学与工业委员会科学技术进步二等奖。在1998年至2008年间，他在非线性科学、混沌控制与同步及其保密通信应用等领域先后获得国防科工委和省部级科学技术进步二等奖3项和三等奖3项，还获得了多项北京市科技进步奖，迄今共获得包括国家级、国防部门和省市级科技进步奖12项。