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对于翼龙的邻居——恐龙的卵生问题，由于在世界很多地方都发现了大量的恐龙蛋化石。而且还发现了恐龙胚胎化石，因此答案已是毫无疑义的了。那么冀龙鄹台生的还是卵生的呢?长久以来，古生物学家围绕这个问题争论不休。直到2004年，中国科学家的发现才给出了确定无疑的答案。
最早的翼龙蛋化石记录可追溯到1860年。当时，人们在英格兰格洛斯特郡的一个采石场发现了一窝蛋化石，至少有8枚，每枚长44毫米，宽28毫米，壳厚0.3毫米。看上去颇为圆滑，里面充满方解石晶体。发现者当时认为它们是爬行动物的蛋，并未把它们同翼龙联系起来。
1871年，又有一些蛋化石在英格兰牛津郡被发现，蛋化石呈球状，直径约19毫米。人们最初认为这些蛋化石是龟类蛋化石，但后来在同一地点又发现了喙嘴龙骨骼化石，于是认为它们可能是翼龙蛋化石。到1928年，研究人员仔细观察这些蛋化石的蛋壳结构后指出，它们肯定属于爬行类蛋化石，但没有确凿证据可以将它们归于翼龙。
1989年，在美国得克萨斯州发现了一些化石碎片，被认为有可能蹼龙的蛋壳化石，因为在发现蛋壳化石的地点曾经发现过风神翼龙(一种大型翼龙)化石。
时光飞逝，转眼到了2004年，或许是翼龙再也无法忍受保守秘密所受的煎熬，终于向我们展示了它们是卵生的证据一中国科学院古脊椎动物与古人类研究所的汪筱林研究员等人在《自然》杂志上发表了一篇描述翼龙胚胎化石的论文，令古生物学界为之震撼。
论文中描述的这个翼龙胚胎化石发现于辽宁省锦州市义县金刚山，保存得非常精美、完整，只有部分骨骼因后期受挤压略有错动、位移。翼龙胚胎静静地蜷缩在椭圆形的蛋壳中，蛋的最大长度53毫米，最大宽度41毫米。化石保存了部分头骨和几乎完整的头后骨骼。在粗壮的下颌中保存有两枚细长、略为弯曲的牙齿。翼龙胚胎的脊柱大致沿着蛋的长轴方向伸展，头部从一侧向后弯曲，与脊柱一起组成倒U字形。这种保存状态反映的可能正是翼龙胚胎发育过程中的原始状态。
这枚胚胎化石不仅保存了很好的胚胎骨架，而且还保存了近于圆形的乳突状纹饰结构，这些正是蛋壳和胚胎的直接证据。在化石上还有同翼指骨保存在一起的翼膜纤维。在其身体的后部保存有大面积的皮肤印痕，上面清晰可见毛状皮肤衍生物的痕迹。同样的结构也曾发现于宁城热河翼龙化石，表明这个胚胎将发育成一只带“毛”翼龙。翼龙胚胎的两翼展开约27厘米，而发现于德国索伦霍芬的刚出生不久但已具备了飞行能力的翼龙的两翼展开只有18厘米，可见它比迄今发现的最小的翼龙幼体还要大，如果长大成年，将是一只中型或大型翼龙。根据胚胎的骨骼及软组织结构推测，这只翼龙出生后不久即具备了飞行能力和自主觅食能力(与现今的早熟鸟类类似)。它被初步归于鸟掌龙科。
化石的许多特征都显示，这具胚胎已处在其发育过程的最后阶段，小翼龙即将破壳而出，飞翔于早白垩世的天空。
不久后，中国地质科学院地质研究所的季强研究员也在同一地点征集到一枚翼龙胚胎化石，虽然不如前者完好，但完整地保存了头颅、牙齿和头后骨骼。表明这也是一枚即将孵化出壳的翼龙蛋化石。季强还观察到这枚翼龙蛋化石没有显示任何硬壳结构，其外部是一层极薄的、致密的“革质”结构，他据此认为翼龙蛋具有软壳结构。
说到这里，翼龙蛋的故事还没有结束，它们就像约好了似的要在2004年一同出来和我们见面。这年年底，美国洛杉矶自然史博物馆的古生物学家宣称，他们在阿根廷发现了一枚翼龙胚胎化石——个未孵化的翼龙小宝宝蜷缩着身体，置身于厚约0.03毫米的薄蛋壳的保护中。小宝宝的形态构造与南翼龙极为相似，特别是那张可爱的、小刷子状的嘴巴。由于南翼龙是该地区发现的唯一的翼龙种类，所以可以确认这个胚胎属于南翼龙。南翼龙蛋的蛋壳非常薄。很可能是风化的缘故。研究人员在电子显微镜下观察发现，南翼龙蛋竟然是单层构造，这与恐龙和鸟类不同，后两者的蛋壳均为多层构造，这说明翼龙比恐龙和鸟类更原始。
那么，翼龙蛋究竟是软壳还是硬壳?目前科学家倾向于前者，但也有一些反对意见，看来这个问题要等到发现更多的翼龙蛋化石后才能完全解决。不过，“软壳”与“单层薄蛋壳”或许正是为什么迄今为止发现的翼龙蛋如此稀少、为什么只在保存条件很好的地方才能发现翼龙蛋的原因。恐龙、鸟类和鳄类都有着钙化比较完全的蛋壳(这一点你在敲鸡蛋时就可以体验到)，相比之下，有鳞类、一些种类的海龟的蛋壳钙化不完全甚至缺少钙化层，它们的蛋壳很柔韧，有的甚至薄如羊皮纸。一般来说。蛋壳钙化程度越高，变成化石并保存下来的概率就越大。据此我们可以合理地推测。恐龙蛋化石最容易保存下来，然后依次是鸟类和鳄类蛋化石，而有鳞类和一些种类的海龟的蛋化石最难保存。
还有一个问题，翼龙蛋如何孵化?“软壳”与“单层薄蛋壳”对翼龙蛋的孵化有着相当大的差异。如果翼龙蛋是软壳，而不是像鸟蛋那样的硬壳，就意味着翼龙不可能趴在蛋上孵蛋，它们必须把蛋埋在松软的沙、土壤或草堆中，利用阳光和沙滩的温度进行孵化。如此来看，翼龙蛋至少需要两个月或者更长的时间才能孵化。
翼龙胚胎化石提供了决定性的证据，证明翼龙确实是卵生的。