一、日本出入境管理的法律依据
日本出入境管理的法律依据主要有以下三部法律。
（一）《出入国管理及难民认定法》（1951年政令第319号）
《出入国管理及难民认定法》（简称“入管法”）是一部以对所有入出日本国境的人员实施公正的管理（即防止行为不端之人入出日本国境或在日本境内侵犯日本国家和日本国民的安全和利益）以及完善难民认定手续（即规定日本如何认定应予保护的难民）为目的的法律。所谓“所有入出日本国境的人员”既包括日本国公民，也包括外国人，但对于双方的管理却存在很大的不同。对于本国公民的出入境管理，主要是确认其出入境事实，在其所持有效护照上加盖印章即可。而对于外国人的管理则要复杂得多，包括入境审查、居留管理、办理强制离境手续等一系列事务。日本国“入管法”是在联合国军占领下的1951年10月作为波茨坦政令制定的，依据“基于根据有关伴随接受波茨坦宣言而发布命令的情况由外务省作出的有关各项命令之措施的相关法律”（1952年法律第126号），规定在和平条约生效后，依然具有法律效力。由于在之后的修订中只限于部分修改，所以现在仍保留着“1951年政令第319号”的法令番号。另外，该法还就日本出入境管理的机构设置及管辖范围、相关管理人员的职务名称及权利义务以及相关行政机构的配合等作出了明确规定。
（二）《依据与日本国和平条约对脱离日本国籍者实施出入国管理之特例法》（1991年法律第71号）
这是日本政府为保障自第二次世界大战之前就一直居住在日本的朝鲜半岛、中国台湾出生的人及其子孙的法律地位和待遇的安定而制定的法律，简称“特例法”。
（三）居民基本台账法（1967年法律第81号）
2012年7月9日外国人登录法被废止。同日，部分修改的居民基本台账法（简称“居基法”）颁布实施。该法规定，外国侨民也适用该法，同日本人一样由居住地的市町村地方办事机构制作居民证。据此，法务大臣掌握的外国人信息中必须与市町村共享的部分，实现了法务省这一国家层面与地方机构市町村之间的信息交换，以确保及时、持续地掌握外国人的实际情况，实现了法务大臣动态跟踪和掌握外国人居留管理信息的一元化管理。
二、日本出入境管理的组织机构
（一）法务省入国管理局
作为掌管出入境管理事务的国家行政机构，日本政府依据“入管法”，在法务省内设立了入国管理局。（见图2）。
入国管理局的总务课等各课相当于我国的处级组织，因此本文称其为总务处。该处负责制定出入境管理基本计划及有关出入境管理法令草案方面的事务、综合协调出入境管理局所辖事务、入境者收容所等监察委员会相关事务、入境者收容所的组织及运营方面的事务、地方出入境管理局的组织及运营方面的事务、外国人技能实习的组织及运营方面的事务以及出入境管理局所辖事务中出入境管理局专属事务。其所属的难民认定室负责为临时庇护的外国人签发登陆许可相关事务、难民认定事务、对法务大臣依法认定的外国难民签发在日居留许可证、向法务大臣依法批准的未获得在日居留资格的外国难民申请人可以临时滞留日本的签发在日临时滞留许可证以及难民旅行证件相关事务。实际上，除难民认定室外，总务处还设有出入境管理规划官和出入境管理协调官。其中，出入境管理规划官负责有关出入境管理基本计划的制订和有关出入境管理法令草案制定中特定事项的规划以及有关需要综合协调出入境管理局所辖事务中的特定事项的规划。而出入境管理协调官则负责协调总务处所辖事务中需要特殊协调的特定事项。入境居留处负责外国人登陆许可、外国人居留许可、中长期在日居留的外国人的管理、外国人再入境许可、本国公民出入境及外国人出境的确认以及“入管法”第6章所规定的船长等及运输业者责任方面的事务。其所属的居留管理业务室负责居留卡和“入管法”第4章第1节第二款所规定的中长期在日居留的外国人的申报事项。而图中未标出的审查指导官则负责对入境居留处所辖事务中特定事项的指导及监督。审判处负责针对“入管法”第4条第1项及第55条之二中第2项所规定的外国人进行审查、签发收容命令书及强制离境命令书、有关出境命令、外国人登陆及强制离境的口头审理和异议申诉、对难民的不予认定决定及取消难民认定的审查请求以及向举报人颁发赏金等相关事项。警备处负责调查违反“入管法”第2条第14项之规定的案件、执行收容命令及强制离境命令、对入境者收容所及其他收容设施实施警备并管理被假释的被收容者、入境審查官及入境警备官的武器的携带和使用以及入境警备官的检查、礼仪及特殊训练等方面的事务。另外，警备处的警备指导官负责警备处所辖事务中有关特定事务的指导和监督。出入境管理情报官负责收集、整理及分析有关出入境管理的信息、根据居民基本台账法第30条50项规定进行通知的有关事务。出入境管理情报规划官负责有关出入境管理信息的收集、整理及分析方面的特定事项的规划和草案制定。另外，法务省入国管理局还设有参事官一职，参事官负责有关入国管理局所辖事务的重要法令草案制定以及其他重要事项的规划及草案制定。
（二）地方入国管理局机构
作为法务省入国管理局的分支机构，又在全国八个地区分别设立了地方入国管理局并分别在旗下设置了分局及办事处（含分局办事处）和入境者收容所等监察委员会。另外，作为法务省设施（入境者收容所），还设立了东日本入国管理中心和大村入国管理中心，分别依法负责外国人的出入境审查、居留审查、强制离境手续以及难民认定等与出入境管理行政有关的各种事务（见图1）。