出版家张元济，字筱斋，号菊生，清末翰林，曾任总理各国事务衙门章京，因鼓吹新学，在戊戌变法中被光绪帝破格召见，政变后被革职。1898年冬，在南洋公学管理译书院事务兼总校，注意译书的选题意义，改原来注重翻译兵书为翻译社科类书籍，后任公学总理，1902年7月辞职。1901年，以“扶助教育为己任”，投资商务印书馆，并主持该馆编译工作。商务印书馆编译所的早期成员，大体包括了三种人，一是坚持变法维新思想的人，二是已经走上民主革命道路的人，三是自然科学知识比较丰富的人，他们组合在一起，构成了一个相当出色的知识群体，使商务印书馆编译所成为20世纪初传播新学的一个重要中心。张元济在商务印书馆工作的二十多年间，尽管头衔数变，其真实身份应该算中国近代最早的职业经理人。
张元济进入商务不久，就决定组织编写一套新式教科书—《最新小学教科书》。编写小学教科书，迎接正在兴起的社会变革，是张元济、蔡元培、高梦旦等人按照“扶助教育”的方针做出的一项重大决策。为此，商务印书馆和日本教科书主要出版社金港堂合资，并请日本文部省图书审查官兼视学官小谷重、高等师范学校教授长尾桢太郎为顾问，这样的编审阵容，保证了教科书的质量。1904年，《最新小学教科书》一上市就取得了巨大成功，十多年间，销售了数百万册。在20世纪初，《最新小学教科书》在全国范围内完成了“教科书之使命”，启蒙了整整一代人。而商务印书馆所以能成为出版界巨擘，“实肇端于是书”。商务印书馆的资本从1901年的五万元，迅速增加到1905年的一百万元。而在当时全国数百家私营企业中，资本超过一百万元只有十五家。
当然，商务印书馆出版的不仅仅是教科书，从张元济进入商务的第一年起，它就出版了“帝国丛书”，包括《明治政党史》、《帝国主义》、《各国宪法略》、《各国国民公私参考》等，1903年起，商务印书馆又出版了政学丛书、历史丛书、财政丛书、商业丛书、地学丛书、战史丛书、普通学问答丛书、说部丛书、传记丛书、哲学丛书等，扩大了传播新学的阵势。商务印书馆出版的中外文辞典和《东方杂志》、《教育杂志》、《小说月报》对当时的人们也起过重大影响。商务印书馆在短短十年间，就初步实现了张元济在进馆时提出的目标—“为中国实业造一模范”。
完善公司治理
事情不会一帆风顺，商务印书馆创始人兼总经理夏瑞芳因股票投机失败，牵累到了商务印书馆。1910年上半年，在外国金融投机者的哄抬下，上海发生了轰动一时的股票风潮—橡皮风潮。夏瑞芳损失了六万元，连带商务印书馆也损失了七万元。1911年，夏瑞芳以股票做抵押，向商务印书馆借款十万，以作清偿。夏瑞芳投机冒险，殃及公司，让张元济很是头痛，因为夏瑞芳身为总经理，如果举止失措，就会牵动商务印书馆的大局。张元济不得不设法善后，他先说服了股东们，并和合资的日本人协商，用降低借款利息，延长还本年限，增加夏的收入等方法，帮助夏瑞芳度过难关，以解除他的后顾之忧，免得他再次冒险，好专心办理公司的事务。在设法善后的同时，张元济及时从这件事中得出结论，认为有必要在制度上设法防范，杜绝流弊。
关于夏瑞芳从事私人投机活动，张元济似乎早在1902年就同日方投资者商议过防止办法。该年2月12日，日方股东原壳三郎在给他回信中曾建议“依照各国商法规定，建立会计上公私不分现象之防止办法，及董（事）、监(察)、经（理）等重要管理人员，及职员未得公司同意，不得经营其他营业之防止办法等”，希望张元济“考虑制定各法”。1912年2月11日，张元济考虑到公司的办事章程和制度还不够完善，董事和经理人的权限也没有分清，担心将来可能使公司再受伤害，便写信给日方合资人，要求来沪面商“更改章程，划清董事及经理权限，订立管理银钱出入规则”。应当指出，张元济的建议后来都实行了，这使商务印书馆在企业近代化的道路上前进了一大步，公司再也没有出现过类似事件。他本人更是身体力行，从未向公司借过钱。
来自中华书局的竞争
辛亥革命后，商务印书馆严格意义上的竞争对手终于出现了，它就是中华书局。中华书局的诞生打破了商务印书馆主宰中国出版业的局面。中华书局和商务印书馆的渊源颇深，它的创始人陆费逵就是商务印书馆中层管理者。陆费逵1908年由高梦旦介绍进入商务编译所，年轻有为，深得张元济、高梦旦等人赏识，很快升任出版部长，《教育杂志》主编。高梦旦还做主将侄女嫁给了他，张元济也在1911年亲自选拔他陪自己赴京参加中央教育会议，可见器重。
武昌起义一爆发，陆费逵就意识到清王朝大厦倾覆是转眼间的事，便立即组织商务因橡皮风潮受损而解雇的一批资历较浅但很有能力的编辑，突击编写符合共和国政治制度的新教科书。1912年中华书局正式成立，《中华初等小学国文教科书》也正式推向市场，封面上赫然印着共和旗帜，还有解说民族主义和共和政治的课文，这让它很快成为全国各地学校的抢手货。虽然武昌起义后，商务在出版内容上也采取了一些措施，但等他们把教科书做完必要修改后出版时，已经过了开学时间，被中华书局拔了头筹，销路大受影响。
中华书局的异军突起在商务印书馆内引起了轩然大波，高层纷纷责怪高梦旦引狼入室。张元济一边打圆场，一边部署应对竞争之策，抓紧编写出版《共和国教科书》。中华书局的教科书没有商务的简明，逐渐丢失了大部分市场。竞争的结果，商务印书馆占了百分之六十的市场，百分之三十的市场被中华书局挖去。从此，商务不得不处处面对这么一个劲敌。
竞争对于整个出版市场来说是好事，但商务印书馆的管理层不会这么想，中华书局在竞争中似乎有无穷的手段弄得他们非常难受。中华书局提出了两个口号，一是“用教科书革命”，二是“完全华商自办”。前者暗示商务印书馆是保皇党，不革命，后者则等于说商务印书馆不是华商自办，至少不是完全华商自办。
1903年，商务印书馆和日本金港堂合资，双方是平等的，它不但扩大了商务印书馆的资本，而且明显提高了商务的印刷质量，对商务印书馆经营管理的近代化也有过良好的影响。当时人们咸与维新，爱国心高涨，许多人未必分得清经济侵略和正常的合资，因此这两个口号，损害了商务印书馆的声誉，并影响到了营业，让商务印书馆非常难堪。在这种情况下，1913年初，公司决定增资三十万元，为收回日股做准备，同年9月，商务印书馆董事会正式决定收回日股，由夏瑞芳赴日谈判。1914年1月6日，双方达成了回购日股的协议，并于1月10日在《申报》上刊登广告，宣布商务印书馆“为完全国人集资营业之公司，已将外国人股份全部购回”。当天下午，总经理夏瑞芳遇刺身亡，原因众说纷纭，至今尚无定论。
整合机构
夏瑞芳遇刺后第二天，董事会召开紧急会议，要求张元济出任总经理。就学识、能力、声望和在公司所起的实际作用而言，他最有资格担任这一职务。但是张元济生性淡泊，出身进退，都有一定的原则。从戊戌变法起，他对事业总是很执著，对于职位，则不看重。张元济一向认为，中国人办事，碰到危难之时，尚能同心协力，共度难关，一到稍有成效，“彼此争权夺利之事纷纷而起”，一桩好端端的事业也往往随之崩溃。张元济的目标是扶助教育，以教育除愚昧，并创造中国实业的模范，所以他决定做出榜样，绝不争权夺利。加上他考虑自己不是商务印书馆的发起人，又不像“商务”几个印刷工人出身的创始人那样是基督徒，同创办者也无亲戚关系，股份又少，考虑到这种种不便，他宁愿担负起更重的责任，做更多的事，而不愿居于首位。
他力荐创办人印有模任总经理，另一创办人高凤池任经理。印有模不到两年就病故，董事会再次推举张元济出任总经理，张元济力辞，于是由高凤池任代总经理，高代了几个月便打算辞职。当时不少人，包括沈雁冰都说张元济是总经理，这并非空穴来风。最终，在1916年4月18日的董事会上，高凤池当选为总经理，张元济出任经理。
就在这个时候，张元济发动了商务印书馆的机构改革。商务印书馆的编译、印刷和发行原来是各自为政的，上面没有统一的管理机构。编译所由张元济、高梦旦这些书生说了算，被称为“书生派”。印刷、发行两所历来由原来的创办人掌权，他们都是基督教徒，被称为“教会派”。夏瑞芳在世时，在教会派中有威信，对张元济又言听计从，这种情况使三所分散的弱点暂时没有暴露出来。他死后，问题凸显。
此时，张元济的密友陈叔通办的《北京日报》因为得罪袁世凯而难以为继，陈在北京也很危险。于是张元济便邀请他于1915年进入“商务”。陈叔通经过一番考察，提出建立总务处，以协调三所，统一步骤的建议，张元济接受了这个建议，进过大量的说服工作，在1915年10月成立了总务处，由陈叔通具体负责。总经理、经理、三所负责人定期举行总务处会议，讨论公司大事和三所关系以及制定规章制度，这健全了公司的决策机制、组织结构和规章制度，使商务印书馆在企业近代化上又往前迈进了一步。
人才危机与新旧之争
历史的步伐在加速前进，同戊戌变法前后为数不多的“新学”提倡者相比，辛亥革命后不到十年，中国出现了上千万受过初等新式学校教育的人群和数十万在国内外受过中高等教育的知识阶层。这些知识群体对新思想、新知识的饥渴欲望是当时的出版物所远远不能满足的。1915年9月，《新青年》创刊及其影响迅速扩大，标志着新文化运动正式发动。它提倡“新道德”，反对“旧道德”；提倡“新思想”，反对“旧思想”；提倡白话文，反对文言文，向传统文化发起了猛烈的冲击。消费者口味发生了剧烈变化，意味着产品需要更新换代。中国出版界该如何适应新文化运动，适应新的思想和知识更新过程？这里除了机会，还有更严峻的考验。
此时商务印书馆的经营危机开始表面化了，《共和国教科书》、《最新教科书》以及其他中学教科书发行量均有下降。旗下杂志的销售额也从1917年的十四万六千元减至1918年的十一万一千元，不得不用削价来“抵制青年、进步及其他同等之杂志”。但衰退仍在继续，1919年初，商务印书馆积压的各种滞销书刊达六十多万册。张元济认为，不能迎合激进的新思潮是症结所在。
而更让张元济郁闷的是，“商务”旗下的各种杂志不断受到陈独秀、罗家伦等新文化运动干将的声讨，又因为不敢承印孙中山著作，被孙中山在1920年发表的《致海外国民党同志函》中严厉谴责，孙中山称“商务”为“保皇党余孽”把持，出版的书刊“均带有保皇党气味，而又陈腐不堪”。这一切对于商务印书馆，对于张元济本来，无疑都是沉重的压力。
危机和竞争压力，在商务印书馆内部引起了两种不同的态度，引发了新旧之争。1926年底，张元济在一封信中回顾了这场斗争：“公司中十余年来已养成一种惰性，与谈改革格格不入，而后起之辈思想甚新，蓬蓬勃勃，亦颇有为公司兴利除弊之意，有不可遏之势。”此时，公司内部的确出现了一些人才，如沈雁冰、胡愈之等人。张元济的思想未必跟得上他们的步伐，但他却是领导阶层中力主变革的少数人之一。
为了缓和危机，张元济采取了一些应急措施，用编译中思想较新的人分别担任《小说月报》、《教育杂志》、《妇女杂志》、《少年杂志》等刊物的主编。其中《小说月报》由沈雁冰主编后最为出色，成为新文学的重要阵地之一。
张元济意识到，商务印书馆的危机，归根到底是人才危机，公司主要人员无法适应新一轮的知识更新，不适应新文化运动，而新的人才又不能出头。张元济认为人才危机在管理机构中更为严重。大多数经营管理人员知识修养不高，看重的是职位、地位和利益，缺乏崇高的社会目标。他们大多数同创办人不是亲朋就是故旧。这些人通过裙带关系，织成了一张利害关系网。最麻烦的是，总经理高凤池正处在这个裙带关系网的中心点上。张元济要触及最敏感的人事问题，必然和高凤池发生了争论，在用人和辞人方面，二人每每意见向左。最后张元济决定辞职，尽管董事会、高凤池本人和其他许多人纷纷挽留，但张元济表示一言既出，绝不收回。
高凤池尴尬了，他自忖业务上还可以应付，但文化界怎么号召得了？结果他不得不也宣布辞职。最后经过调解，二人改任监理，不再处理日常事务。一场新旧之争，以两败俱伤告终，决策层的新旧更替以这种奇怪的方式完成了。