铭贤学院，是在孔祥熙创办的私立铭贤学校的基础上建立的一所私立本科院校。
1901年秋至1907年夏，孔祥熙先后在美国欧柏林学院和耶鲁大学读书，分别获得欧柏林学院的学士和耶鲁大学的硕士学位。学成回国之前，他与欧柏林学院的老师和同学辞行。欧柏林学院的中国同学会举行集会，欢送孔祥熙回国。有人便在集会上提议，乘孔祥熙回国，带一笔捐款，为庚子殉难传教士（欧柏林学院或附属中学的学生卫禄义、来浩德、来浩德夫人、德富士、贝如意、露美乐）建立一所纪念堂，俾作永久纪念。此时，孔祥熙建议，“建筑纪念堂和立碑勒石是死的纪念物。死的纪念物固然重要，然而，能够造就活的纪念物岂不更好！什么是活的纪念物呢？那便是设立学校，造就人才，使庚子殉难教友的精神长存人间。”孔祥熙的建议得到校方和同学们的赞同，将捐款用于设立学校。
1907年秋，孔祥熙携款回到太谷，接收了太谷基督教公理会在城关南门外明道院的蒙馆，更名为铭贤学堂，并自任堂长，制做了校旗，孔祥熙亲自题写“学以事人”（Learning for Service）的校训。建校初期，学生50余人，教员四五人。
随着学生人数逐渐增多，明道院地址狭小，不敷应用，学校需要更宽绰的场所。孔祥熙认为孟家花园是最理想的地方。
孟家花园原为太谷富商孟儒珍私人别墅。1900年孟氏家族有人参与义和团杀传教士的活动。在办理教案时，将孟家花园划归教会。孟家花园内楼堂馆舍、亭榭游廊、林木扶疏、花草馥郁、环境优雅，极宜办学。
最初，孟家花园为韩明卫（Dr.W.A.Hemingwar）办的仁术医院和贝露女校所占用，经孔祥熙与公理会负责人康保罗（Panl L.Corbin）、韩明卫协商，决定将南关的明道院与孟家花园的用途互换，仁术医院和贝露女校迁往明道院，铭贤学堂搬迁到孟家花园。
1909年2月21日（农历二月初二），铭贤学堂搬迁到了孟家花园。1911年，铭贤学堂改为私立铭贤学校。
铭贤学校创办之初，发展是相当艰难的。欧柏林学院每年向铭贤学校提供经费3800美金，约合洋七八千元，不足之数由孔祥熙募集补助。随着办学规模日益扩大，学生和教职员人数日渐增多，办学经费成为孔祥熙办学最棘手的问题。如中华民国二十四年（1935年）出版的《山西私立铭贤学校一览》中描述：草创之时“经费奇窘，应付艰难”。Ellsworth C. Carlson在《Oberlin in Asia》中写道，“从1911年开始，对孔祥熙在资金以及债务方面的质疑不绝于耳。”直到1921年募得基金30万元，学校经费更形宽裕，校务愈呈发达。
1921年至1937年，是铭贤学校发展的黄金时期。学校声誉日隆，规模不断扩大，据1930年出版的《铭贤集览》记载：校园“面积五百余亩，大楼五座，中楼两座，宿舍数百间，女子部、大学部校舍正在建筑中。”1926年，孔祥熙再次赴美，欧柏林学院授予名誉博士学位，并募得霍尔（Hall Charles Martin）基金75万美金，此款存入美国银行，每年利息3.5 万美金，用作铭贤学校的常年办学经费。也就是说从1926年之后铭贤学校就有了宽裕的办学经费。 自1922年开始，孔祥熙在国民政府担任职务，公务繁忙，学校管理聘请别人代管，曾聘田俊卿（Wynn C.Fairfield）、乔晋樑、梅贻宝、贾麟炳、杨蔚先生任代理校（院）长。
1921年，穆懿尔（RaymondT.Moyer）来到铭贤学校，创办了农场，置实验田200余亩，建养鸡场、养猪场和果园；1933年春，工科实习厂建成。1936年，铭贤学校占地面积已达789.9余亩，总建筑面积超过1万平方米，为筹办农工专科学校奠定了良好的物质基础。
1937年5月，国民政府国防委员会为适应经济建设需要发展实业，令铭贤学校筹办高等农工专科学校。铭贤农工专科学校准备于1938年春季开始招生，但因日本帝国主义入侵我国，山西局势危在旦夕，铭贤学校难以立足，被迫南迁。从1937年10月辗转运城、河南省三门峡、陕西省西安、沔县，1939年4月下旬迁至四川省金堂县曾家寨。
铭贤学校入川稳定后，学校建设又进入一个新的发展时期。1940年10月，经国民政府教育部批准，铭贤农工专科学校成立；l943年8月，教育部批准，将专科学校升为本科学院，私立铭贤学院正式成立。学院设农科、工科和商科共八个学系，即农艺学系、畜牧兽医学系、农业经济学系、机械工程学系、化学工程学系、纺织工程学系、工商管理学系、银行学系。
1947年10月，铭贤学院从金堂迁移至成都，并购地重新建设校区。1948年12月，成都解放，銘贤学校的董事长兼校长孔祥熙已去了台湾，原来铭贤学院的主要领导人（院长贾麟炳因病去香港治疗，副院长武寿铭赴美深造）都不在岗，由谁来主持校务工作，就成为铭贤学校亟待解决的问题。经教职工协商，推荐刘恩俊（惠之）、张龙志、黄率诚、万慕德（Herb Vanmeter）、程子青五人组成院务执行委员会，负责校务。1950年2月25日召开铭贤学院第15次扩大院务会议，再次讨论了院务执行委员会执行主席一职。因院务执行委员会轮任执行主席已告期满，由本会议推选执行委员会常任主席一人，主持过渡期间之院务工作。参会人员25人，投票结果以刘恩俊得15票为最多，当选为院务执委会常任主席。为加强院务工作的领导，以得票次多的黄率诚当选为执委会副主席。参会人员还推荐院长候选人，按票多少为序，推荐出武寿铭、吴克明、梅贻宝、李海文、黄率诚、刘恩俊、吕生才、杨文若等八人。因武寿铭赴美留学不在国内，大家认为原校务长吴克明是最合适的人选。报请欧柏林学院托事部，托事部同意学院的提名。后又经过师生员工投票推荐，大多数人拥护吴克明担任院长。之后，铭贤学校的教职工和校友纷纷给吴克明去信，请他回来主持校务工作。吴克明的儿子吴尚回忆道：“我父亲吴克明担任齐鲁大学校长期间，带领学校从成都复原回济南，1948年又经历迁校到杭州和福州，1949年再迁回济南，然后辞去校长职务，为了在济南照顾年迈的母亲，去中学教书。这期间收到朋友同事的三百多封信，劝他回到铭贤学院。他是一个孝子，直等到为母亲送终后，才于1950年初答应来铭贤（学院）就任院长。来到铭贤（学院）后，又正值复原（员），所以他又主持了铭贤（学院）复原（员）回太谷的过程。”正值铭贤学校大张旗鼓的准备复员时，太谷传来了不好的消息。铭贤学校校产管理委员会的陈竞之于1950年元旦给贾麟炳、刘恩俊等人的信中讲道：“太谷校址于一九四九年八月间由太原军管会拨归山西大学占用，农场是先在五月间由太原市政府接收改为太原市第二农场，现在亦归山大接收经营，准备开办农学院，现在农场山大方面负责人是前我校校董南映庚君。李文华已于七月间调到山西政府农业厅服务。留场有吴曰宽、陈守礼、陈守智、白生亮四人。学校方面是山大理学院占用。……现有化学、数学、生物三系，共学生一百四十多人，教授职员等四十多人，全体教授学生等都是原盘由北京（师范大学）移来。……我校旧有器具，除木器等已清点外，其余如科学楼一应器材及图书等尚未清点清楚，按政府规定是借用性质，但是整个借、整个负责，现正极力要弄清楚，究竟借用了些什么，我们暂时努力的重点就是争取借用的原则，待成都解放后再作决定。现该院正积极修整一切。在解放后不多几天，蒋匪飞机来轰炸过一次，投下四颗炸弹，将科学楼、图书馆、大礼堂、田氏楼等处门窗玻璃大部震碎，尤其科学楼几无一块存在，现该院已将科学楼玻璃装备如旧，现在进行安装电灯。小学现在仍在第五院开学，有学生一百左右，四个教员，每周开支约九石小米左右，拨过来的千元，已支用了大半。……如果政府允许返（太）谷，在我校经济、人才与山西需要上说，最好是集中力量办农学院。”陈竞之在信中谈到他的一些担心，唯恐校园被别人占去，希望铭贤学院能早日回归太谷。
因贾麟炳赴香港治病，铭贤学院暂时由刘恩俊等五人主持校务。他们接到信后，刘恩俊于4月27日给铭贤小学校长陈竞之回信讲道：“获前任本院训导主任之黄毓甲先生来函云，前应晋省当局之邀，返并了解，曾与省主席程子华、副主席裴丽生、农（业）厅长武光汤、教（育）厅长赵宗复、山大校长邓初民诸先生谈及我校复员问题，均希望我校回去，……可见省政当局对我校维护之热忱固十分殷切。”刘恩俊在复信中，还赞扬了陈竞之尽职护校，同时让其坚定铭贤学院复员的信心。
铭贤学院在复员过程中，许多铭贤学校的校友、曾在铭贤学校任职的同仁都在出谋划策，从中协调帮助。
曾任铭贤学院训导主任的黄毓甲先生（时任西北农学院农经系教授）应山西省政府之邀，赴并一行。他在给刘恩俊等人的信中称：山西正积极筹建农学院，“惟以苦无人才及基础设备，迄未实现，……在太原时，省府主席程子华、裴丽生副主席以及山大校长、教育厅长、农业厅长，均诚意希望铭贤（学院）回去，最后并嘱由弟函询，征求意见，……诸位意见如何，速决定示知，以便向省府报复。”
曾任铭贤学院文书主任的马骏一先生（当时在西北大学供职）给刘恩俊等人的信中写道：“铭贤（学院）现由诸位先生负责维持校务，一切照常推行，甚慰。前日黄岫青（黄毓甲）先生由太原归来云，山西主席程子华及教（育）厅负责人均希望铭贤（学院）仍迁回太谷办理。……如决定迁回原校址，可先派代表赴并接洽，骏（一）与程主席有同学之谊，當可从旁协助。”
1950年5月22日，铭贤学院按照中国人民解放军成都市军事管制委员会教育处颁布的《成都市私立各级学校校董会暂行组织规定草案》的要求，成立了校董会，讨论并通过了铭贤学院章程。董事会成员有刘恩俊、谢霖、程子青、张国正、万慕德。经推选，董事长由刘恩俊担任。董事会依校董会章程召开董事会，会议决议聘请吴克明先生为本院院长，并报美国（欧柏林学院）铭贤社，本院有中学部，向来院长兼任中学校长，但因院长的精力主要投在学院，为不影响中学工作，董事会决议聘请李彝亭先生为中学副校长，主持中学的日常工作。董事会还决议请程子青先生亲自返晋视察情形，并与山西省政府洽商复员。1950年6月1日召开中央人民政府教育工作会议，请吴克明先生就近先赴北京与教育部接洽，了解会议精神，以利于开展工作。
5月24日由第廿次院务决定，派程子青为学院代表、秦耀东（振亚）为中学部代表、金农为学院学生代表、王伟为中学学生代表，返晋与有关方面商洽铭贤学院复员事宜。
6月7日刘恩俊给陈竞之发电报，告诉程子青、秦耀东及学生代表5月29日启程赴太谷办理铭贤学院复员事宜，已电请吴克明先赴京然后转道回太谷，武寿铭月底回国亦将赴太谷办理复员事宜。铭贤学院接到美国欧柏林学院托事部甘乃德先生来电，称武星三（寿铭）与张志僖于五月廿九日由美动身，约于本月廿五日抵大沽口登陆。6月2日铭贤学院院务委员会第二次会议决议，函请武寿铭等转道并（太原）（太）谷等地，视察以资了解当地情况，并协助返晋代表洽商复员事宜。陈竞之收到电报后，立即回信，一联串的好消息着实让人兴奋，现在由孟如莲做准备工作，迎接将要到来的复员代表。
程子青等人到太谷后，立即赶赴省城，与有关负责人接洽铭贤学院复员事宜。6月22日给刘恩俊的信中谈到：“6月19日与教育厅厅长王中青接洽，王厅长答复，第一，整个学校均保存私立性质，无任何条件；第二，全部校舍及农场，如果全校复员，当然归还铭贤（学院），至山西（大学）理学院迁往何处，乃省府解决；第三，迁移费补助问题，实无法补助私立机关；第四，工（科）农（科）实习问题，农场即可收回不成问题，纺织、机械两厂，省方给予本院充分便利，可利用太原与榆次各工厂从事实习；第五，人民助学金，即中学占百分之七，大学占百分之二十二，此百分比将来消长如何不敢预测。除以上五个重要问题得到以上之结论外，省府并电致政务院，介绍我们赴京接洽。（子）青与金农拟于廿三日早九点由并搭车赴京向教育部请示。”
7月31日至8月4日，召开山西省各界人民代表会议协商委员会第二次会议，程子青作为特邀代表参加会议，参会人数共四百七十六人。会议期间，王世英副主席推举程子青发言，程子青把铭贤学校四十三年办学成绩作了介绍，培育的169小麦与金皇后玉米优良品种，推广先进的农机具，为山西的农业作出贡献。本校愿意与山西省人民政府一道为建设新山西共同奋斗。会议期间屡与程子华主席、王世英副主席、山大校长赵宗复交流，均关切我校复员问题。并与赵宗复商谈了山西大学理学院搬迁事宜。
程子青在山西与各方商洽铭贤学院的复员工作，秦振亚拟定房屋校舍的修缮计划，准备对太谷校园进行整修。在成都，铭贤学院的教职员工也在紧锣密鼓地筹备着复员工作。从7月24日至31日召开了五次院务会议，酝酿迁校方案。在7月25日的铭贤学院院务会议上，刘恩俊通报了吴克明自济南发来的信函，他报告了在京情形与入川行期以及复员的意见。
8月2日，吴克明到达成都，就职铭贤学院院长，郝逸云任秘书；黄率诚、张龙志、张志僖、陆智远、田子方分别担任农艺、畜牧兽医、机械工程、纺织工程、工商管理学系主任，李彝亭担任中学副校长，主持中学的日常工作。8月3日召开了铭贤学院与铭贤中学校务委员会第一次联席会议，将学院迁校与中学迁校合并研究部署。会议对迁校委员会进行了调整充实，吴克明、刘恩俊、李彝亭为当然委员，并加学院同学会代表一人、学院教联代表一人，中学部同学会代表一人、中学教联代表一人、共七人组成，吴克明为召集人。
8月7日召开了铭贤学院与铭贤中学校务委员会第二次联席会议，调整充实了迁校委员会的组织机构，成立了筹备、善后、运输、总务四股。总务股，股长为黄率诚，副股长为王述槐，成员有刘惠之、连均平、教职员、学院学生代表及中学部学生各一位；运输股，股长为岳正熙，副股长为张镜明，成员有田子方、薛子英、唐国光；善后股，杨芙初为股长，副股长为荣知天，成员有兰锦华、张龙志、焦威仪、曲乃毅、李工博、闫化道；筹备股，股长为金农，副股长为郭定成，成员有程子青、秦耀东、武星三、臧惠泉、贾麟炳、王伟。迁校委员会的各级组织，按照各自的职责开展复员筹备工作。
8月25日，学院决定派教职员代表李彝亭和学生代表熊美成赴重庆，代表铭贤学院与西南军政委员会交涉迁校交通工具事宜。李彝亭和熊美成26日乘车赴重庆，恰与西南军政委员会教育处谢秘书和川西行政公署文教厅长张秀熟同行。张厅长赴重庆开高教会，27日在内江旅社住宿时，他们与文教厅长张秀熟谈及铭贤学院复员事宜，张厅长乐意帮忙，并给他们出谋划策。依他来看，铭贤学院用房地产交换复员搬迁费用亦甚可能。
为了让李彝亭和熊美成与西南军政委员会交涉迁校交通工具时有一个谈判的原则，8月30日，吴克明给李彝亭和熊美成去函，告知第十次院务委员会会议的基本精神。经研究决议，与西南军政委员会交涉迁校交通费用的条件是，以本院在成都之房地产连同家具的价值共约五万八千美元，当时约折合银币十一万元，此数可以解决铭贤学院全部搬迁费用与太谷之修缮、设备等项费用，最高希望政府能如数补助。如果达不成，我们可退一步，不谈太谷之修缮、设备等项费用，而仅希望解决铭贤学院全部搬迁费用（由成都至宝鸡之汽车费及由宝鸡至太谷之火车费）并包含全部教职员生工友沿途之膳宿等费。如还难达成协议，可再退一步，最后希望政府能补助由成都至太谷全部交通工具费用。希望按照以上三项尽力交涉为盼。经过交涉，铭贤学院与成都市军管会达成如下协议：
铭贤学院因最近复员返晋，为克服交通工具困难问题，愿将在蓉校产，包括校舍房基和实验田亩以及所有留蓉校具交与成都市军管会房产管理委员会所有，并即日派员接收。交通厅即调拨载重汽车十五辆，无代价地将铭贤学院图书仪器、师生员工于十月九日直送宝鸡。如对上述校产有遗权纠葛等情事，请于十月二十日以前向铭贤学院留守人员交涉。逾期接收方面概不负责。特此鉴报声明。
9月6日，铭贤学院又一次召开院务会议，决定派阎化道、郭定成赴晋办理接收铭贤学校农场事宜。
9月中旬召开铭贤学院董事会会议，决议延聘武寿铭为副院长；铭贤学院院务会议决定派武寿铭赴太谷筹备复校工作。
进入10月份，铭贤学院就开始实施北迁计划，师生员工及家属分批离开成都返回太谷。为了让师生员工到达陕西宝鸡后能顺利乘车返回太谷，在宝鸡火车站设立了交通站，由田子方任站长，负责联系安排到达宝鸡的师生及时乘车北上。
第一批北上的师生员工47人，由职员连忠诚（均平）和学生陈永宁带队。这批人员的车辆是学校临时租用的。因与政府交涉，请再拨卡车二辆，唯以政府供给二十辆，车费已甚巨大，故未成功，学校不得已向私营汽车公司包车二辆，载四十余人，已于4日安抵宝鸡。
第二批北上的师生员工及教学仪器、图书等物资，于1950年10月9日12时乘政府提供的大型军用卡车20辆，从成都外东莲花池出发，经川陕公路北上，15日抵达宝鸡，16日下午乘火车，沿陇海铁路东行午夜抵达西安，17日转乘去郑州的火车，18日下午三时抵达郑州， 然后換乘去石家庄的火车，于19日上午十时抵达石家庄，再换乘去太原的火车，20日上午十点九分抵达太谷 。在这次铭贤学校北迁的过程中，团组织和学生自治会发挥了积极作用，他们组织学生组成了押运小组，分乘解放军派来的20辆拉运图书、仪器的卡车，从成都昼夜兼程驶向陕西省宝鸡。他们吃在车上，睡在车上，备尝辛苦。
10月15日将铭贤学院在成都购买的80.411亩地的地契交于成都市军管会房地产管理委员会。
第三批共60余人，于10月23日启程，然后转乘火车返晋。铭贤学院组织回迁太谷，除了上述三批以外，还有一批徒步北上的小分队。因为西南军政委员会文教部提供的车辆，不能满足学校运输物资和人员的需要，学校规定乘坐西南军政委员会文教部派的汽车，新生每人要交40.5万元（也就相当于现在的40.5元）的乘车费。此时，学校还发起组织经济困难的同学，从成都徒步到宝鸡，并发给步行的每位同学生活补助费40万元，以解决迁校中车辆不足的困难。这支小分队由吴寿先、张毓庄带队，成员有黄承忠、兰策、周思进、费汉安、孔季良、杨志谦、何毓林、陈安仁、官禹贡、杨奎华（女生，新同学）、廖思谦、王白林、李工博、黄孝纲、孙仁铣等17人。因为杨奎华是新生，无法筹措到40.5万元的乘车费，经校领导同意，加入徒步小队，她是全队17人中，唯一的一名女同学。铭贤学校这次北迁：学院180人，中学150人，眷属共62家，对铭贤学院来说是一个浩大的工程，自1950年10初开始迁校，历经一个月的奔波，全校师生员工安全地于11月初陆续返回太谷。经过短暂的休整，11月20日正式复课。
1950年12月29日，中央人民政府政务院通过了《关于处理接受外国津贴的文化教育机关及宗教团体的方针的决定》。1951年1月，教育部在北京召开处理接受外国津贴的高等学校会议，董事长刘恩俊、院长吴克明、学生会主席马禹行参加了会议。5月29日，中央人民政府教育部下达了关于山西私立铭贤学院处理方案，确定暂时维持私立，进行准备工作，暑假后改为公立，定名为山西农学院，交由山西省人民政府直接领导。山西省人民政府指示，将铭贤学院机械工程系、工商管理系以及纺织工程系合并于山西大学工学院与财经学院。同时，铭贤中学的高中部分并入太原五中。9月，山西省太原农业技术学校与铭贤中学初中部合并，改建为山西农学院附设中级农业技术学校，校址设在现北院家属区。
1952年学习苏联的高等教育的管理经验，取消大学中学院一级的教学机构，按照以培养工业建设人才和师资为重点，发展专门学院，将工、农、医、师、政法、财经各系科独立建院或与原有同类院校合并集中。1953年把并入山西大学财经学院的铭贤学院工商管理系归并于中国人民大学，把纺织工程系并入西北工学院。
1951年10月4日，山西省人民政府委派文教厅副厅长崔斗辰赴太谷，对铭贤学院与山西农学院进行了交接。崔斗辰按照山西省人民政府1951年10月1日（51）教会字第73号令，宣布了任命，“奉中央人民政府指示，兹委派山西省人民政府农业厅副厅长李秉权兼任山西农学院院长，李子康任副院长，朱先煌任教务长，郝季甄任总务长，前铭贤学院院长吴克明另有任用，前教务主任张龙志调任该院畜牧系主任……除任命通知书另行颁发外，仰即分别到职办理交接手续，并将到职日期及交接情形报府为要。”10月5日李秉权、吴克明在文教厅副厅长崔斗辰的监督下办理了交接手续。
1951年10月10日，召开了山西农学院成立庆祝大会，院长李秉权主持大会，山西省人民政府文化教育委员会主任冀贡泉到会祝贺，文教厅副厅长王中青在讲话中指出，热情祝贺山西农学院成立，他还建议，把校庆与国庆节结合起来，10月1日为山西农学院的校庆日。会上收到中央人民政府教育部的贺电及各单位的贺词、贺信。
1950年11月，铭贤学院迁回太谷，教师学生共206人，其中教师38人，学生168人。教师中教授23人、副教授7人、讲师2人、助教6人。1951年归并山西大学的教师21人，其中教授13人、副教授4人、讲师1人、助教3人，学生116人。山西农学院仅保留农艺系和畜牧兽医系两系，留下的教师17人，其中教授10人、副教授3人、讲师1人，助教3人；留下农艺系和畜牧兽医系两系学生52人。